Чтобы замечательная среда разработки для PHP, Java и т.д NetBeans поддерживала кодировку utf-8 надо в конфиге программы netbeans.conf (путь_установки_NetBeans\NetBeans 7.0\etc\netbeans.conf — в MS Windows) в параметре netbeans_default_options дописать, отделив пробелом:

 -J-Dfile.encoding=UTF-8

И понятно, что существующие файлы проекта не в UTF8 надо будет перекодировать с помощью какого-нибудь текстового редактора типа PSPad .

Натыкался и на такое "Безопасное открытие файла с кодировкой utf-8 невозможно. Открыть его?"

Решалось так. В настройках PSPad Настройки->Настройки программы->Программа вид->Программа поведение->Выравнивать байты в кодировке UTF-8 ставим галку. Далее в пункте меню Формат кликаем снова UTF-8 и сохраняем файл. Все NetBeans открывает нормально файл не проекта в UTF-8.

Еще есть всякие BOM, но я с ними пока не сталкивался.